要保证芝麻种子的发芽率和食用品质，必须做到合理贮藏。芝麻种子贮藏的关键是控制湿度和温度的变化。
芝麻种子贮藏的安全湿度一般为７％左右。湿度过高时，种子在贮藏过程中容易发热，使种子内部的脂肪分解，引起霉菌寄生和虫蚀。因此，种子入库贮藏前一定要做好以下几项工作：一是清洁仓库环境，做消毒处理；二是将种子风干去杂，在阳光下晒后过筛，去除易吸湿返潮的杂质；三是贮藏地点必须通风干燥，下面用隔潮物垫底。采取囤藏的必须把芝麻种子堆平并覆盖防潮物如麻布、防雨布等。
入库后要常常检验核查堆中的气温变化，一般只要种子干燥且防潮措施较好，种子气温变化不会太大。这是由于种子的呼吸作用会逐渐耗尽种子堆中的氧气，使二氧化碳增多。种子的呼吸作用减弱后能够大大减少种子内部物质的消耗，同时可抑制好气性霉菌的生长，保证种子的品质。冬季气温低，在贮藏过程中应打开仓库进行通风，使种子温度尽可能地降至最低。
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